الدليل ينقسم لقسمين الأول: يتضمن دليل المدرب والمتدرب لوثائق حقوق الإنسان التي تم استخدامها في الدراسة، ومرشد للعاملين في رصد وتوثيق الانتهاكات في مجال السجون لاستخدامها في إعداد محاور الاستجواب والزيارات الميدانية للسجون، واستمارة استبيان للمعلومات المطلوب توافرها عن السجناء والسجون لتقييم وضعية السجن أو أحد أماكن الاحتجاز عن طريق تحليل المعلومات المجمعة، ومن خلالها تستطيع المؤسسة أو المنظمة تقييم أوجه القصور وبيان أوجه الإصلاح اللازمة لعملية التطوير، القسم الثاني :
ملحق وثائقي يتضمن قانون السجون في مصر ولوائحه التنفيذية طبقا لآخر تعديلاتها، والمعايير الدولية لحقوق الإنسان ذات الصلة بمعاملة السجناء والمحتجزين ، وقرارات إعلانات الجمعية الطبية العالمية حول دور الأطباء والممرضين والممرضات في رعاية المحتجزين والسجناء وحمايتهم من التعذيب وغيره من ضروب المعاملة القاسية واللإنسانية أو المهنية التي تساعد الباحث في الرجوع إليها.